Vào tháng 4 năm 1943, khi cuộc chiến giữa Phần Lan và Liên Xô vẫn còn đang tiếp diễn, lực lượng không quân Phần Lan đã mua của Đức Quốc xã 24 chiếc Ju 88. Số máy bay này sử dụng cho phi đoàn số 42. Số máy bay thường được huấn luyện để tấn công các thành phố nhỏ của Liên Xô - tham gia chung với lực lượng không quân của Đức Quốc xã. Vào ngày 20 tháng 8 năm 1943, lực lượng không quân Phần Lan cùng với Đức Quốc xã đánh phá toàn bộ khu làng Lehto và phi trường Lavansaari của Liên Xô. Toàn bộ suốt mùa hè năm 1943, số máy bay Ju 88 không thực hiện thêm phi vụ nào nữa.

Một trong những phi vụ đánh bom đáng nhớ của không quân Phần Lan là vào ngày 3 tháng 9 năm 1944, khi phi đoàn Ju 88 cố gắng mở các đợt tấn công vào các máy bay vận tải hạng nặng của Liên Xô được bảo vệ bởi các máy bay tiêm kích. Cuộc đụng độ diễn ra khoảng 4 ngày, khi lực lượng Ju 88 cố gắng tách máy bay bảo vệ ra. Ju 88 ném bom khắp nơi quanh đó (do máy bay vận tải phải đáp xuống tiếp nhiên liệu), cả ngày lẫn đêm. Cuối cùng khi chiếc máy bay này bay đến gần Leningrad thì bị 2 chiếc Ju 88 phát hiện, hai bên bắn nhau dữ dội và kết quả cuối cùng Ju 88 vẫn không tiêu diệt được chiếc máy bay-nhưng đã bắn hư hỏng nặng số máy bay bảo vệ.Vào năm 1945, Phần Lan chuyển sang chính thức tuyên chiến với Đức Quốc xã. Ngay lập tức, phi đoàn số 42 đã tham gia cùng không quân Đồng Minh đánh bom Berlin. Phi vụ cuối cùng được thực hiện ngày 4 tháng 4 năm 1945.